aBRIDGe-Biobanque

Le CRB aBRIDGe-Biobanque est membre du réseau CRB-Anim soutenu par le premier programme d’investissements d’avenir (PIA1). Il fait partie de la plateforme de biologie intégrative aBRIDGe, qui offre également des services en histologie, séquençage, transcriptomique et microgénomique, facilitant la caractérisation des ressources du CRB. Le couplage des analyses avec le séquençage MiSeq permet par exemple de contribuer aux recherches sur le microbiote en combinant conservation, extraction d’ADN, fabrication de banques et séquençage.

Le CRB s’intéresse à toutes les espèces d’animaux d’élevage, mammifères, oiseaux et poissons. Ses ressources biologiques sont de nature très variée avec plus de 40 types de tissus différents. Elles proviennent de projets de recherche menés en génétique animale, mais représentent aussi des collections de référence issues des unités expérimentales d'INRAE ou de projets européens. Le CRB maintient des banques de chromosomes artificiels bactériens (BAC) pour la cartographie des génomes de 8 espèces animales, avec 1,2 millions de clones, qui constituent un patrimoine scientifique encore utilisé pour la cytogénomique.

Expertises et services

• Mise en collection et conservation à long terme de tissus d’animaux d’élevage, mammifères, oiseaux et poissons,
• Extraction d’ADN, contrôle qualité et mise en collection des extraits,
• Distribution de matériel biologique,
• Mise à disposition d’informations sur les collections sur le portail web de CRB-Anim,
• Développement de protocoles en biologie moléculaire,
• Distribution et criblage de clones BAC.

Composition des collections

BAC, ADN, tissus, fluides et microbiote d’animaux d’élevage :

• 134 500 échantillons issus de 53 792 animaux de 9 espèces,
• 40 592 échantillons de lait pour 3 espèces de ruminants,
• 32 214 échantillons de sang pour 8 espèces,
• 5 784 échantillons de plasma pour l’espèce bovine,
• 20 054 échantillons de tissus pour 4 espèces,
• 21 380 échantillons de fèces pour 3 espèces,
• 12 346 échantillons d’ADN pour 6 espèces,
• 2 130 échantillons divers pour l’espèce bovine (colostrum, salive, poils...),
• 1,2 millions de clones BAC pour 7 espèces.

Comment accéder au CRB ?

Les collections du CRB sont consultables sur le portail web du réseau CRB-Anim qui permet un tri sur plusieurs descripteurs obligatoires : espèce, race, lignée, projet de recherche, sexe de l’animal, date de naissance, date et pays de prélèvement... Lors de la recherche de ressources, il est nécessaire de créer un compte pour accéder au nom du CRB et demander la sortie des échantillons choisis. Toutes les étapes sont gérées via le portail : devis, signature de l’accord de transfert de matériel biologique (MTA)... Si des échantillons sont encore sous embargo et non visibles sur le portail, il est possible de contacter le CRB à l’adresse abridge-biobanque@inrae.fr.

Les demandes d'entrée d'achantillons se font également sur le portail du réseau CRB-Anim. A partir d’un compte utilisateur, le déposant doit signer un accord d’acquisition de matériel (MAA) et renseigner les caractéristiques demandées.

Pour soumettre une demande d’extraction d’ADN sans mise en collection, de distribution de clones BAC ou de criblage de banques, il est nécessaire de remplir les formulaires dédiés sur le site de la plateforme aBRIDGe. Le contrôle qualité des acides nucléiques est associé au service d’extraction. Les équipements de contrôle qualité sont également accessibles aux utilisateurs formés.

Exemple d'utilisation

Une collection de référence pour l’annotation fonctionnelle des génomes animaux

Le CRB aBRIDGe-Biobanque a organisé une collecte d’échantillons de 73 tissus ou types cellulaires provenant de 4 espèces animales (bovin, caprin, porcin et poulet) pour le projet FR-AgENCODE, volet français du programme FAANG pour l’annotation fonctionnelle du génome des animaux.

Les protocoles de prélèvement et de conservation ont été standardisés en vue d’études menées sur le transcriptome et certains échantillons ont été conditionnés pour des analyses spécifiques (ATAC-Seq, HiC). Les protocoles mis au point sont consultables sur le site du projet FAANG. Les 5 000 échantillons collectés sont disponibles sur le portail web du réseau CRB-Anim. Environ 4 000 de ces échantillons ont été décrits par les ontologies BRENDA ou UBERON puis déposés dans la base Biosamples de l’Institut européen de bioinformatique (EBI). Les métadonnées ont pour leur part été décrites dans un article publié dans la revue Frontiers in Genetics.

Une partie des échantillons a été utilisée pour l’étude comparative du transcriptome du foie et des cellules immunitaires au sein des 4 espèces. Cette collection constitue une référence pour l’analyse des patrons d’expression du génome en fonction du tissu, de l’espèce, du sexe, de l’âge et de l’état physiologique des animaux.

Pour en savoir plus : Tixier-Boichard M. et al. (2021). Tissue resources for the functional annotation of animal genomes. Frontiers in Genetics, 12:666265.

Contact

aBRIDGe-Biobanque
Bâtiment 320
Chemin de l’Homme mort
78350 Jouy-en-Josas
Région : Île-de-France+33 (0)1 34 65 28 03
abridge-biobanque@inrae.fr
Site du CRB

THÉMATIQUES : Animal

COLLECTIONS : BAC, ADN, tissus, fluides biologiques et microbiote d’animaux d’élevage

COORDINATEURS : Michèle Tixier-Boichard

RESPONSABLES COLLECTIONS : Déborah Jardet, Benjamin Houel

RESPONSABLES QUALITÉ : Déborah Jardet

TUTELLES : INRAE

INFRASTRUCTURES NATIONALES : RARe

LABELLISATION IBiSA : 2009

MOTS CLÉS : Génomique, Animal domestique, Mammifère, Oiseau, Poisson, Diversité génétique, Conservation de tissus, Extraction d’ADN, Microbiote, Contrôle qualité des acides nucléiques, Clones BAC, Criblage de banques, Congélateurs, Table réfrigérante, Chemagic Star, QIAcube, Barcoding

Fiche mise à jour en 2022

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