GDR Organoïdes : 3 questions à Audrey Ferrand, membre co-fondatrice du groupement de recherche

Publié le 27.01.2022

Tout récemment labellisées IBiSA, les plateformes 3D-Hub, ORGAPRED et OrgaRES travaillent en réseau au sein du GDR Organoïdes. Lancé par le CNRS en 2021, le groupement a pour ambition de soutenir, développer et structurer la recherche dans ce domaine. Entretien avec Audrey Ferrand, chercheuse Inserm, co-responsable de la plateforme Organoïdes de Toulouse prélabellisée en 2019, et membre co-fondatrice du GDR Organoïdes.

Pourquoi tant d’engouement sur les organoïdes ?

Parce que ce sont des modèles révolutionnaires pour la recherche en biologie-santé ! Les organoïdes donnent accès à des structures biologiques en 3D qui reproduisent l’architecture et certaines propriétés fonctionnelles des organes. Les chercheurs ont besoin de tels modèles pour comprendre les processus du développement, les mécanismes physiologiques et pathologiques. A l’Institut de recherche de santé digestive (IRSD), ils nous servent par exemple à étudier les maladies intestinales comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique. Nous utilisons des organoïdes murins mais aussi humains, établis et cultivés par les équipes de la plateforme Organoïdes de l’IRSD à partir de biopsies ou de résections de colons obtenues grâce à une collaboration avec les hôpitaux de Toulouse. Au sein du GDR Organoïdes, nous sommes en lien avec d’autres plateformes organoïdes, comme 3D-Hub, ORGAPRED et OrgaRES, spécialisées sur le cancer.

Pourquoi avoir créé le GDR Organoïdes ? 

D’abord pour recenser les plateformes et les équipes de recherche – une centaine – travaillant sur ces modèles en France, ensuite pour bâtir et consolider une communauté scientifique autour des organoïdes. Le GDR a pour objectif de soutenir et de structurer ce champ de recherche, en permettant aux chercheurs et aux industriels d’interagir sur les projets. Les plateformes technologiques jouent un rôle tout à fait essentiel, car elles contribuent à la préparation et à la mise à disposition des modèles. La production d’organoïdes appelle à un savoir-faire spécifique. Il faut obtenir des échantillons tracés et de bonne qualité, isoler les cellules souches, maîtriser les techniques de culture en 3D, ou encore analyser les modèles afin de vérifier qu’ils respectent bien certains critères morphologiques et fonctionnels. Le tout en accord avec la réglementation concernant la manipulation de cellules souches, l’exploitation d’informations génétiques, la gestion et le stockage des données, dans le respect de l’éthique. En octroyant une place centrale aux plateformes, le GDR favorise l’utilisation des organoïdes humains et animaux, physiologiques et pathologiques, accélérant sans commune mesure la recherche en biologie-santé.

Qu’apportent le GDR aux plateformes ?

Quels que soient les organes d’intérêt, les plateformes organoïdes sont toutes confrontées aux mêmes problématiques, notamment techniques et réglementaires. Par exemple, comment standardiser les méthodes de culture ? Comment procéder en cas de pénurie de matrigel, la matrice extracellulaire assez incontournable à la culture de cellules en 3D ? Par quels biomatériaux pourrait-on remplacer le matrigel ? Comment caractériser les organoïdes ? Comment observer les structures épaisses en 3D avec les outils d’imagerie actuels ? Comment gérer les données massivement générées au cours des analyses ? L’emploi de cellules souches soulève aussi des questions éthiques. Grâce au GDR, nous pouvons partager nos préoccupations, nos expériences, nos résultats. Nous disposons d’un cadre pour coordonner nos activités, harmoniser nos démarches et concentrer nos efforts, au bénéfice de la communauté. Le GDR nous offre également un soutien en matière de formation et de valorisation, ainsi qu’une visibilité nationale qui encourage la mise en œuvre de projets collaboratifs inter-sites.