scBiomarkers UTechS

Un support unique à la recherche biomédicale par le biais d’essais cellulaires fonctionnels, de phénotypage, tri, profilage protéique et multi-omique à l’échelle de la cellule unique.

Site de la plateforme

scBiomarkers UTechS

Un support unique à la recherche biomédicale par le biais d’essais cellulaires fonctionnels, de phénotypage, tri, profilage protéique et multi-omique à l’échelle de la cellule unique.

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scBiomarkers UTechS

La plateforme scBiomarkers UTechS a pour mission de soutenir des projets de recherche translationnelle et fondamentale à travers des équipements de haute technologie pour les essais cellulaires fonctionnels, le phénotypage multi-couleurs, le tri cellulaire, l’étude de profils protéiques et transcriptomiques, ainsi que la multi-omique à l’échelle de la cellule unique. Une des forces de la plateforme est son laboratoire de niveau L2/L3 permettant la manipulation de matériel humain et infectieux. Cette configuration et la diversité des technologies représentées offre la possibilité d’apporter des solutions adaptées à l’ensemble des besoins d’un projet biomédical.

La plateforme est ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle. Elle accueille de nombreux projets de recherche fondamentale et sur des thématiques variées : maladies infectieuses, cancers, allergies, auto-immunité, transplantation… Ses axes de développement se concentrent sur l'analyse multi-omique à l’échelle de la cellule unique, l’expérimentation sous hypoxie et l’étude des profils immunitaires pour la découverte de biomarqueurs en vaccinologie et dans différents contextes pathologiques.

Expertises et services

Étude de profils immunitaires et immunomonitoring,
Expérimentation en condition d’hypoxie,
Mise en place et analyse de sphéroïdes 3D et d’organoïdes en microfluidique,
Phénotypage multi-couleurs et tri cellulaire,
Analyse multi-omique à l’échelle de la cellule unique,
Étude de profils moléculaires et protéiques en multiplex et ultrasensible,
Soutien bioinformatique et analyse des données,
Soutien à la recherche translationnelle et fondamentale,
Mise en place de collaborations scientifiques,
Réalisation de prestation de service et développement de nouvelles applications,
Formation et enseignement.

Moyens et équipements

Laboratoire de confinement L2/L3 :

Salle de culture cellulaire intégralement équipée,
Système BioSpherix xVivo pour l’expérimentation en condition d’hypoxie,
Instrument Okomera pour la mise en place et l’analyse de sphéroïdes 3D et d’organoïdes en microfluidique.

Phénotypage et tri cellulaire :

Cytomètre spectral Sony ID7000 avec 6 lasers et plus de 40 paramètres,
Trieur à haute vitesse BD FACSymphony S6 avec 5 lasers, 6 voies de tri et 31 paramètres,
Séparateur Miltenyi MultiMACS pour enrichissement rapide des suspensions du sang total,
Trieurs par fluorescence et image Cellenion CellenOne avec 5 canaux et sans perte de cellules, et MicDrop inDrop avec 5 canaux et basé sur la microfluidique,
Cytomètre en image Cytek ImageStream MarkII avec 5 lasers et 12 paramètres,
Imageur en temps réel Agilent Incucyte SX-5,
Analyseurs Agilent SeaHorse XF et Seahorse Mini pour la mesure de la respiration mitochondriale et de la glycolyse en plaques de 96 puits.

Multi-omique à l’échelle de la cellule unique :

10x Genomics Chromium et Chromium iX pour la préparation d’échantillons pour scRNA-Seq sur gouttelettes,
MARS-Seq pour la préparation d’échantillons pour scRNA-Seq en plaques de 384 puits,
Parse et ScaleBio pour la préparation d’échantillons pour scRNA-Seq barcoding,
10x Genomics Visium et STOmics Stereo-Seq pour la transcriptomique spatiale.

Étude de profils moléculaires (acides nucléiques) :

Système d’analyse NanoString Technologies nCounterDx pour la quantification directe et en multiplex de jusqu'à 800 gènes,
Agilent 2100 Bioanalyzer, TapeStation, et fluoromètre Thermo Fisher Scientific Qubit 2.0 pour la quantification des acides nucléiques,
PCR digitale Qiagen QIAcuity.

Étude de protéines en multiplex et ultrasensible :

Systèmes BioRad Bioplex 200, Luminex Intelliflex et MSD MESO QuickPlex pour la quantification simultanée de multiples protéines (xMAP) avec multiplexage jusqu’à 200 analytes,
Laveur Curiox DropArray pour la préparation d'échantillons pour la technologie xMAP et la réduction de volume réactionnel,
Pipeline Olink avec technologie PEA pour la détection de 48 ou 96 protéines,
Analyseurs Quanterix Simoa HD-X et SP-X pour test ELISA digital et ultrasensible avec multiplexage allant jusqu’à 10 protéines.

Analyse des données :

Solutions commerciales Qlucore Omics Explorer, IDEAS (Cytek), FlowJo (Tree Star), Diva (BD) et ID7000 (Sony),
Approches de pointe (Seurat) et application Shiny SCHNAPPs spécifiquement développée pour l’analyse des données de scRNA-Seq.

<hr>Phénotypage de cellules en environnement BSL2+.

<hr>Analyse du métabolisme cellulaire en physioxie.

<hr>Laboratoire dédié à la manipulation de l'ARN.

<hr>Approches single cell multi-omics de pointe.

<hr>Automatisation de multiples pipelines analytiques.

<hr>Manipulation de faibles volumes d'échantillons et de réactifs.

<hr>Dosage de protéines par ELISA ultrasensible.

<hr>Soutien bioinformatique adapté aux projets.

Comment soumettre un projet ?

Pour proposer un projet à la plateforme scBiomarkers UTechS, vous pouvez utiliser l'outil de soumission mis à disposition sur son site internet. Les renseignements suivants sont requis : nom et affiliations du chef de projet, du chef de laboratoire et des utilisateurs associés au projet, titre et résumé du projet, description des pathogènes et approbations relatives à l’utilisation d’échantillons humains le cas échéant.

L’examen du projet par scBiomarkers UTechS intervient après la validation du chef de laboratoire et prend une à deux semaines. Pour qu’il soit accepté, le projet doit répondre aux exigences réglementaires de l'Institut Pasteur. Lors de sa validation, les modalités de formation et d'accès aux laboratoires et technologies sont communiquées aux utilisateurs par mail. Toute modification (liste des utilisateurs, pathogènes ou types d'échantillons) peut être soumise en ligne et à tout moment par le chef de projet.

Exemple d'utilisation

Un soutien intégratif au projet translationnel « Milieu Interieur », de la mise au point des protocoles jusqu’à l’analyse des données

Dans le cadre du projet LabEx « Milieu intérieur », la plateforme scBiomarkers UTechS joue un rôle essentiel dans l'établissement de pipelines et de protocoles standardisés, ainsi que dans le traitement et l'analyse des échantillons et des données. L'objectif du projet est d'étudier les déterminants de la variabilité de la réponse immunitaire humaine saine, en s’appuyant sur une cohorte de 1 000 donneurs sains.

La plateforme a caractérisé les cellules immunitaires du sang périphérique en homéostasie par cytométrie de flux et analysé la contribution des facteurs génétiques et environnementaux à la variabilité observée. La réponse immunitaire à la suite d’une stimulation du sang périphérique a été quantifiée au niveau protéique (xMAP) et de l’ARN (Nanostring). Dix ans après les premiers prélèvements, une nouvelle collecte d'échantillons de la même cohorte a été effectuée. Les chercheurs sont en train d’évaluer l'impact du vieillissement sur les phénotypes et profils immunologiques initialement mesurés.

Avec ce projet, la plateforme a acquis une expertise dans l'étude des profils immunitaires et la capacité à soutenir des travaux de recherche translationnelle à grande échelle. Elle déploie actuellement son savoir-faire à des études en contexte pathologique et en immunomonitoring avancé.

Pour en savoir plus : Dott T. et al. (2024). Standardized high-dimensional spectral cytometry protocol and panels for whole blood immune phenotyping in clinical and translational studies. Cytometry A, 105(2):124-138.

Contact

scBiomarkers UTechS
Institut Pasteur
25 rue du Docteur Roux
75015 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 40 61 30 27
biomarkers@pasteur.fr
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